دانلود تحقیق شبیه‌ سازی دینامیک ملکولی استخلافات پورفیرین

تعداد صفحات : 130

فرمت : word - pdf

تجمع 85 استخلاف پورفیرینی مورد مطالعه قرار گرفته است. گزارشی از مطالعه‌ی ترمودینامیکی و سینتیکی تجمع با تغییر استخلافات پورفیرین داده شده است. برای این کار از شبیه سازی دینامیک ملکولی، رابطه‌ی کمی ساختار-ویژگی و داکینگ Docking)) استفاده شد. در شبیه سازی دینامیک ملکولی، رسیدن سیستم به تعادل با سرد سازی شبیه سازی شده (Simulated annealing) بررسی شد. برای انجام این کار، شبیه سازی در دما‌های مختلف تغییر یافته انجام شد. از داکینگ نیز برای به دست آوردن انرژی برهم کنش پورفیرین ها استفاده شد. از این انرژی‌ها برای به‌دست آوردن ثابت تعادل استفاده کردیم. رابطه‌ی کمی ساختار-ویژگی را برای 85 ترکیب انجام داده و از دو روش رگرسیون خطی چندگانه ((MLR و آنالیز مولفه های اصلی ((PCA برای پیش بینی‌ها استفاده کرده و به پیش بینی‌های خوبی دست یافتیم. ضریب هم‌بستگی برای پیش‌بینی ثابت سرعت و تعادل 85 ترکیب به ترتیب 63/0 و 92/0 شد و با روش PCA با ضریب هم‌بستگی 90/0 توانستیم ثابت تعادل را پیش بینی کنیم. به منظور انجام پیش بینی بهتر ثابت سرعت، ترکیبات به دو دسته‌ی اکسیژن دار و بدون اکسیژن تقسیم شد و و به ترتیب ضرایب رگرسیون 89/0 و 94/0 برای آن‌ها به‌دست آمد. نتایج ارتباط کمی ساختار-ویژگی نشان داد که استخلافات دارای گروه‌های هیدروکربن بیشتر، مسطح‌تر، بزرگ‌تر و هیدروفوب‌تر سرعت تجمع بالاتر ی دارد.